《幽灵公主》是宫崎骏指导年上映的作品，有人说这部作品是宫崎骏的巅峰之作，不仅口碑好，而且在日本创造了票房神话。共有万人次观看，最终票房亿日元，是当时日本票房最高的电影，影片创造了一个史诗一般的神话故事。将森林拟人化成麒麟兽使得森林有了生命，也有了灵魂。往大了说，麒麟兽其实就是自然，他有着博大的胸怀，就算被人类砍下头颅，也能包容的春风化雨，散播生命。但同时电影里也有一个细思极恐的设定，那就是麒麟兽既能赋予生命，也能夺走生命，这象征着大自然既能赐予我们生命，也能夺走我们的生命。而幻化成邪神的野猪身上所带的诅咒可能就是大自然对我们的警告，这种诅咒来自于野生动物，但却是人类种下的祸根。
电影里，飞鸟问白狼神，难道人类就不能和森林和谐共处吗？毫无疑问，这个问题是在拷问所有的观众，你们听不到吗？森林在悲鸣，可人类需要发展。需要扩张，需要科技，需要武器。于是，随着文明的进步，人类似乎无法自控地走向了大自然的对立面。就像电影的最后幽灵公主回到了森林，飞鸟则回到了对面的炼铁厂，似乎在预示着人类和自然难以调和的矛盾。面对这样的情景，导演只能无奈地叹息一声，可能人类最终还是要走上那条明知是错，但却不愿回头的路。影片里有这么一个镜头，站在悬崖边的飞鸟面临着一个抉择，作为人类的一分子，他是应该帮助大自然对付整个人类，而是应该和人类一起对付大自然呢？而现在这个抉择交给了每一个普通的你。
传说很久以前，地球上有一个地方，那里到处都被浓密的森林所覆盖，由远古时代开始，里面就住了很多神灵。他们守护着这片土地，是森林真正的主人。森林旁边有一个小村子，村民们过着安静祥和的生活。然而有一天，一种可怕的力量侵袭了这里，黑色的触角所到之处，树木倒塌，花草枯萎。村里的神婆发现了异动，通知大家赶紧回村躲避，一个少年得知消息后，骑着羚角马往村赶，此时一个老者正神情凝重盯着森林边缘，只见一个浑身长满触角的怪物冲破了围墙，它蠕动的触角往村子的方向爬去，一双血红的眼睛，让人不由得心惊胆寒，老者见状惊慌失措的大喊，糟糕，是邪神。而那蠕动的触角之下，俨然是一只巨大的野猪。话音刚落，怪物就开始朝着村子的方向跑去，少年毅然拿起弓箭，准备阻止怪物，老者却大喊，不要得罪邪神，会受到诅咒的，但少年却毫无惧色，他称好弓箭，骑上羚角马，向着邪神的方向一路奔去。
邪神追着少年向着村子的方向急速爬行，为了保护村民。少年拿起弓箭，对准了邪神血红的眼睛，一击命中。邪神受到攻击后，开始变得暴怒。无数触角从身体涌出，紧紧追着少年不放，很快少年的手臂就被触角缠住，他拼命挣脱束缚，对准邪神的另一只眼睛又射了一箭，邪神受了重伤，黑色的触角开始慢慢收拢，接着轰然倒地，少年名叫飞鸟，他杀死了邪神，拯救了村子，但他的手臂却受了重伤，接着，神婆赶来，只见她对着邪神虔诚祷告祈求他的原谅，可邪神却在临死前发出诅咒你们这些卑鄙的人类，我要你们抵偿我的痛苦和怨恨，说完便元神散去，只留下森森的白骨和腥臭的脓血。
当晚阴风阵阵，神婆召集村民们商议此事，经过一番卜卦，他告诉大家，那只野猪来自遥远的西方，它受了重伤，以至于身体腐烂，一路上不断积聚怨恨冤屈，最后化为的邪神。飞鸟手臂上的黑色疤痕，深入皮肤血肉，这显然不是普通的伤，而是邪神的诅咒，神婆对飞鸟说，当这疤痕侵蚀入股时，就是你的死期。接着她拿出一只铁珠，这是在野猪体内找到的，正是它才让野猪肠穿肚烂，受尽痛苦和折磨。否则野猪也不会变成邪神，所以她断定西方一定正在发生着不详的事情，要想化解诅咒，飞鸟就得去那里寻找真相，这是唯一的办法。
随后飞鸟连夜启程向着西方进发，他骑着羚角马跨过高山，越过草地，路过一个村子时，他发现有些武士正在屠杀无辜的村民，为了救人，飞鸟向着举刀的武士射出一箭，只听弓箭“嗖”的一声，武士的两只手臂，被齐刷刷地斩断。飞鸟不知道自己的手臂，为什么突然会有这么大的力量，两个武士紧追不放，飞鸟又射出一箭，一个武士的头颅应声而落，另一个武士吓得目瞪口呆，飞快逃去。
来到镇上后，飞鸟认识了一个红鼻子的胖僧人。胖僧人一路跟着他，他刚刚看到了飞鸟射箭的样子，就好像是被鬼神附体一样，所以对他很好奇。说话间他们来到了村外的树林，飞鸟对胖僧人说了自己的遭遇，胖僧人无奈的感慨，无休止的争斗，贫穷，饥饿加上瘟疫，人类世界里含恨而终的人不计其数。如果说这些都是邪神作祟的话，这个世界本身就是邪神，接着飞鸟拿出了从野猪身体里找到的铁珠。胖僧人看过之后告诉他，从这里一直向西进发，翻过无数高山之后，就会到达一个叫做麒麟森林的地方，那里的野兽都非常大，保持着远古时代的模样，森林里或许有你想要的答案。
第二天迎着万丈晨光，飞鸟继续赶路，而此次在不远的西方，麒麟森林对面的山上，炼铁厂的工人们正冒着大雨搬运货物，陡峭的山路两边全都是已经枯萎的花草树木，此时，炼铁厂的女当家幻姬正在指挥调度，突然一个家丁报告说，狼神出现了，狼神一族是他们的死对头，会经常袭击矿工，幻姬刚指挥大家击退两只小狼，谁知忽然从身后冲出一只体型巨大的母狼，矿工连同货物一起，被撞下山崖，幻姬从容不迫的瞄准开枪，白狼神被子弹击中后坠入了无底深渊。此时，听到声响的飞鸟来到了麒麟森林的边缘，他救下了刚才被白狼神撞下山崖的两个矿工。这时，他听到河对面有动静，就藏在树丛里观察。只见两只小狼驮着一个少女找到了受伤的白狼神，少女帮白狼神吮吸伤口，缓解疼痛，突然他扭过头来，发现躲在树丛的飞鸟，飞鸟做了自我介绍并说明来意。他询问少女，白狼是不是麒麟森林中的远古神兽。可少女对他充满敬意，语气强硬地请他离开，这时一声尖叫打断了，飞鸟的思绪。
原来是醒来的的矿工，发现了一个奇怪的东西，它其实是一只树精，象征着这片生命的繁盛，矿工惊恐的说，他们会引来麒麟兽的，接着树精就发出咔咔的声音，像是上了发条的玩具，随后更多的树精，凭空冒了出来。飞鸟请求他们帮助自己走出这片森林，树精仿佛听懂了他的话，带着他们像森林深处走去，这些调皮的小家伙，时而隐身时而现身，还模仿飞鸟的样子，被起同伴，蹦蹦跳跳的在前面带路，穿过茂密的隧道，他们来到一处幽静的水潭，这里的蝴蝶像是一颗棵颗跳动的宝石一样光彩夺目。恍惚间，飞鸟似乎看到远处有几只神兽经过，而他那条被诅咒的手臂，忽然不受控制地跳动起来，他赶紧把手臂伸到水潭里，躁动才慢慢平复。接着飞鸟给两个矿工喝了水潭里的清水，很快他们的伤竟然奇迹般的好了很多，不久之后，他们也终于走了这片森林。
森林的对面是一座冒着白烟的城堡这里就是幻姬的炼铁厂，它坐落在湖面之上，在这幽静的山谷中显得格外醒目，随后矿工带着飞鸟乘船渡河回到炼铁厂。城堡之中，一片繁华，百姓们安居乐业，这里的村民都是靠开采矿石为生。想当初是幻姬带领火枪队赶走了这里的野猪，建立了这座城堡。晚上飞鸟向幻姬说明了来意，并拿出那个铁珠。幻姬问他为什么想要查出铁珠的秘密？飞鸟说，他想用澄清的目光，看清事实真相，再做决定。幻姬听完哈哈大笑，然后带着飞鸟，去了自己的后花园。这里满园碧色绿意盎然，与炼铁厂灰暗的色调格格不入，直接很多浑身裹着纱布的人，正在制作火枪。幻姬承认那粒铁珠是她发射的，她嘲讽到。那些愚蠢的野猪，要想报仇就尽管来。此时，飞鸟手臂上的邪神怨念感受到了幻姬的挑衅，他的手臂又开始不受控制，似乎要找幻姬复仇索命，剑拔弩张之时，一个奄奄一息的病人开口了。
这位小兄弟，我知道你和我一样，遭受诅咒的折磨，所以我很明白你的愤怒，但请你不要伤我们的女当家，原来他们都是麻风病人，现在只有女当家把他们当人看，也只有女当家不嫌弃他们。亲自帮他们清洗和包扎腐烂的伤口，生存于世上，本就是件痛苦的事，受尽折磨饱受诅咒，可就算是这样我还是不想死。月色朦胧，城堡之外传来阵阵凄厉的嚎叫，幻姬发射一枚闪光弹，震慑那些接近城堡的幽灵，每当入夜之后他们就会回来，企图抢回这座山，幻姬想让飞鸟留下来帮她对付白狼神，飞鸟反问她，难道你想连麒麟森林都抢走？幻姬说如果没有远古神灵的辟佑，森林里的幽灵就都会变成普通走兽，到时候他就可以把光明带进森林，而这里的人民会因此变得富庶。幽灵公主也可以做回正常人。原来，飞鸟在河边捡到一个少女，就是幽灵公主。他曾经被人类，当作诱饵，遗弃在森林中，是白狼神救下了她，并把她抚养长大，他是白狼神的女儿，对人类充满了恨意。
当晚，幽灵公主骑着白狼慢慢接近城堡，公主身姿轻盈，很快就攻入了城堡。此行她是为了刺杀幻姬，为白狼神报仇。虽然被众人团团围住，但她还是冲到了幻姬面前，眼见两人缠斗得难分难舍，飞鸟手臂上的神秘力量再次被唤醒，黑色的触角，像幽灵一样跳动着，他走到两人面前拦住他们，然后对幻姬说，你心里有个魔鬼，而她也是，你们看看，这些就是埋藏在每一个人内心里面怨恨，是腐蚀肉体，夺取生命的诅咒。不要再让仇恨占据心灵，说完他打晕了两人，把幻姬交给大家。他则要带着公主离开这里，此时，一个女人举枪对准了飞鸟，一个不小心枪走火了，飞鸟的胸膛被鲜血染红，但他依然没有倒下，一步一步走出了城堡，接着他将公主还给了白狼神，自己却因为伤重跌了下来。公主质问他为什么要多管闲事，飞鸟只是喃喃地答道，为了让你活下去。公主拿刀抵在他的喉咙上，你就不怕我杀了你，飞鸟艰难的睁开双眼说：你好美。
公主愣了一下，死水一般的心理漾起了一阵涟漪，接着她让白狼先回去，他将飞鸟拖进水潭，想让麒麟兽帮他疗伤。夜半月圆之时，树精全都爬上了树梢，他们同时晃动脑袋，咔咔咔的声音在整片深林里回荡，麒麟兽从深林深处走了出来，他体型巨大，通体透明，水蓝色的身体流动着点点荧光，就像是流动的生命能量，这是麒麟兽入夜的形态，很快它就会变回日间的形态。此刻胖僧人和他的手下正埋伏在森林里，他其实是朝廷的大祭司，奉命来取麒麟兽的头颅。据说她的头颅，有起死回生的神力，说话间，麒麟兽的身体开始进入巢穴，一阵风之后，便化为无形。最终麒麟兽变回了日间的形态，向着飞鸟走去。所到之处，草木瞬间生长，又瞬间枯萎，他轻轻吻飞鸟伤口。第二天，飞鸟醒了过来，胸前的伤口不见了，但手臂上的疤痕还是没有消失，此时他还十分虚弱，公主赶来后，他把草药嚼碎了亲自喂给他。随后白猪神带领着野猪群围住了他们，野猪王被幻姬杀死，所以他们要杀光所有的人类。
听说麒麟兽救活了飞鸟，猪群十分不解。麒麟兽不是森林的保护神吗？既然他能救活人类，为什么不救野猪王。接着白猪神慢慢靠近飞鸟，感知到了野猪王的痛苦与诅咒。他愤愤地说，就算野猪一族全部灭绝，也要和人类决战到底。白狼神劝到，如果你们和人类开战，就正好中了人类的圈套，但白猪神管不了那么多，无论如何，他都要让人类付出代价。入夜之后，飞鸟苏醒了过来，呆呆的看着眼前大片的森林，白狼神的声音从身后传来，你是听不到深林的悲鸣的，我的身体逐渐老朽，我倾听深林的悲鸣，等着那个女人。梦想有一天能够咬碎她的头颅。飞鸟不解地问，难道森林和人类就不可以和平共处吗，白狼神反问道，怎么和平共处，你要和公主一起对抗人类吗？飞鸟达到，不是。这样只会增加仇恨，白狼神不想跟他争执下去，只是说你无法改变任何事情，天亮之后就离开这里吧。
炼铁厂外发生了争战，是朝廷的千叶侯爷挑起的，他想要霸占一半的铁矿，幻姬自然不会同意，战斗结束后。胖僧人带着一对枪手进入了炼铁厂，他和幻姬达成了交易，他帮幻姬消灭野猪群，幻姬则帮她取下麒麟兽的头颅，随后胖僧人往森林里释放毒烟，并在深林边缘砍伐树木，他想激怒野猪群，引诱他们走出深林落入陷阱。白狼神看穿了这个阴谋，公主决定去帮助野猪群。这时，飞鸟已经走出森林来到了炼铁厂。千叶侯爷趁幻姬不在，正在全力进攻城堡，一个女人告诉飞鸟，你当家带着男人们去围剿麒麟兽了，现在城里只有女人，怕是低挡不住武士的进攻，他们让飞鸟去给幻姬报信，让她赶紧回来。在返回森林的途中，飞鸟看见远处的山谷升起滚滚黑烟，等他赶到时，只见这里到处都是尸体。
人类布下陷阱，和野猪群发生了正面冲突，公主冲在野猪群的最前面，一时间火光冲天惨叫连连，战斗结束后，公主搀扶着白猪神向着水潭艰难行进，刚才的战斗异常惨烈，只有她、白狼和白猪神活了下来，他们全都身负重伤，公主要带他们去向麒麟兽求救。半路上，胖僧人的手下伪装成野猪，跟踪他们来到了麒麟兽的巢穴，在靠近水潭的地方，他们对白猪神发动了攻击，毒针击中了受伤的猪神，猪神的伤势愈发严重，怨念变成黑红色的触角从他的身体里，不断长出。他正在向可怕的邪神转变，幽灵公主想帮他去掉这些可怕的触角，但却遭到了暗算，他晕倒在触角丛中，黑色的蠕动的触角缓缓将吞噬。此时的飞鸟，正在焦急地四处寻找幽灵公主，路上他发现了胖僧人和幻姬正在向水潭进发，飞鸟告诉幻姬，炼铁厂正在被武士围攻，危在旦夕。但幻姬却不为所动，他执意要去猎取麒麟兽的头颅。
飞鸟赶到水塘后，被邪神附体的野猪神也向这边赶来，飞鸟想要救出公主，却被发狂的野猪神甩进水潭，白狼神与野猪神对峙着，形势万分危急，而此时胖僧人和幻姬也跟着猪神追到了这里，他们在树丛中窥视，等待麒麟兽的出现。片刻之后，麒麟兽终于出现了。他在水面上行走，凌波而渡，整个世界似乎都安静了下来，他来到猪神面前，躁动的猪神立刻就平静了下来，浑身的触角也开始收缩，飞鸟趁机救出了公主，然后抱着她跳进了水潭，麒麟兽轻轻吻了一下猪神，猪神立刻怨气消散，归于尘土。
接着在皎洁的月光下，麒麟兽开始幻化形态，这是他最虚弱的时候，也是胖僧人等待的最佳时机。只见麒麟兽的身体慢慢拉长，缓缓变得透明。幻姬拿着火枪准备偷袭，飞鸟用飞刀阻止了她。被惊动的麒麟兽缓缓回头，发现了幻姬。他手中的枪托立刻长出了藤蔓，扳机也被缠住。然而幻姬仍然不肯放弃，用尽全力扣动了扳机，麒麟兽的头颅应声而落，掉在了地上。没有了头颅的麒麟兽像气泡一样开始破裂，气泡变成黑色的黏液，这些黏液能杀死一切生命。白色的树精像雨滴一样而落，麒麟兽的生命正在消逝。黏液腐蚀了白狼神的身体，但他的头颅却咬断了幻姬的手臂。
胖僧人命令手下把头颅装进盒子，拼命向外逃去。包裹着黏液的气泡眼看就要吞噬幻姬，飞鸟冲上去救下了她，带着她躲进了水潭。此时的麒麟兽正在四处寻找自己的头颅，没有了头颅的麒麟兽宛若死神一般，所到之处，万物凋零，生命消逝。只见麒麟兽盘旋在深林上空，森林开始枯萎凋零。紧接着黑色的黏液向着炼铁厂蔓延，眼看就要吞噬一切。现在只有帮麒麟兽找回头颅，才能终止这场灾难。他和公主一路追击胖僧人，胖僧人被逼入绝境。他说，想要拥有天地间所有的东西，这是人类的天性，也是人类的罪孽，最后被逼无奈的胖僧人，交出了头颅。
公主和飞鸟把头颅高高举起，请求麒麟兽的原谅。接着把身体倒向头颅，刹那间金光一片，麒麟兽缓缓抬头，接着又轰然倒地。他的身体化成了一阵飓风，吹灭了炼铁厂的火炉。也吹走了这片土地上所有的污垢。接着麒麟兽将他的生命能量，散播到这片失去生命的土地上。万物生长，生机重现，绿色重新包裹大地，飞鸟和公主在碧绿的草丛中慢慢醒来，他们静静地看着眼前青翠的山岗和草地，公主伤感的说，这里已经不再是麒麟森林了，麒麟兽已经死了。飞鸟却说，麒麟兽是不会死的。因为他就是生命，生与死他都同时拥有，此时飞鸟手臂上的诅咒也已经消失。公主对飞鸟说，我喜欢你，但我不原谅人类。飞鸟说：不要紧，你在森林，那我就留在炼铁厂，跟你一起活下去，想你的时候，我会骑着羚角马去找你，说完两人微笑告别，这时，荒芜的山坡上长出了嫩绿的草芽，湖水清澈，绿意盎然，一切都将重新开始。